Knysnas Name – Neisna ausgesprochen – geht vermutlich auf das Hottentotten-Wort Xthuys Xna zurück, was soviel wie der Platz, wo das Holz ist heißt und als Bezeichnung für den Knysna River stand, der sich durch die dichten Urwälder und tiefe, an manchen Stellen völlig unzugängliche Schluchten windet, bis er schließlich in die Lagune mündet.
Wanderer können dieses Paradies auf vielen Pfaden erkunden, am spektakulärsten natürlich auf den mehrtägigen Touren des Outeniqua Hiking Trails. Bereits die ersten Siedler des 18. Jahrhunderts wurden angezogen von der unvergleichlich schönen Natur um die große Lagune. Die schönste Farm erwarb 1770 Stephanus Terblans. Sein Besitz Melkhoutkraal umschloss damals die gesamte Lagune. Nach Terblans Tod wechselte das Anwesen mehrfach den Besitzer, bevor es 1804 von dem Mann erworben wurde, der gemeinhin als der Gründer der Siedlung und des Hafens von Knysna gilt: George Rex.
Die offizielle Gründung der Siedlung Knysna datiert allerdings auf das Jahr 1825. 1851 wurde Knysna zu einem Magistratssitz erklärt, 1881 zu einer Stadt.
Der Hafen von Knysna wurde 1954 wieder geschlossen; zu diesem Zeitpunkt hatte sich der Warentransport auf die Eisenbahnlinie verlagert, die 1928 in Betrieb genommen worden war. Die Eisenbahnstrecke Knysna – George wird noch heute weitgehend mit historischen Dampflokomotiven befahren. Der sog. Outeniqua Choe Choe-Zug ist eine große Attraktion für Eisenbahnliebhaber; die Trasse führt durch die Wälder, entlang der Seenplatte um Wilderness und über spektakuläre Küstenabschnitte und Flüsse: ein idealer Tagesausflug.
Ein eigenes Kapitel in der Geschichte Knysnas muss den Bewohnern der Urwälder gewidmet werden: nämlich den berühmten Waldelefanten und den Holzfällern, die dort unter unglaublich harten Bedingungen die riesigen, bis zu eintausend Jahre alten Yellowwoodbäume schlugen. Die Urwälder stehen heute unter Naturschutz und man kann noch viele herrliche Baumriesen bewundern; das Schicksal der Elefanten hingegen scheint besiegelt. Anfang des 20. Jahrhunderts noch gab es eine stattliche Herde, gegen Ende der 80er Jahre hingegen waren die Tiere beinahe ausgerottet. Der Versuch, neue Elefanten aus dem Kruger Park einzuführen, schlug fehl; die Tiere konnten sich nicht an die harten und feuchten Lebensbedingungen im Urwald gewöhnen.
Bis vor kurzem noch ging man davon aus, das von der ursprünglichen Population allein eine über 50 Jahre alte Elefantenkuh übrig geblieben sei – bis dann zu Beginn des Jahres 2000 die Geschichte zu kursieren begann, dass ein Forstarbeiter von einem jungen Elefantenbullen angegriffen worden sei!
Mehr über die Geschichte Knysnas können Sie in zwei kleinen Museen erfahren. Das bekannteste Buch über Knysna ist ein Roman über das Leben der Holzfäller und der Elefanten im 19. Jahrhundert: Daleen Mathees Circles in the Forest erzählt die Geschichte eines Jungen, der im Wald aufwächst und den alten Elefantenbullen Old Bigfoot fürchten und respektieren lernt.